Том 145, № 3 (2025)

Оценены патологические процессы, способствующие локальным (в месте инвазии) и системным (тромботические и фибротические проявления) осложнениям новой коронавирусной инфекции. Проанализированы особенности интернализации вируса в клетки, S-протеин-зависимые биохимические процессы, формирующие воспалительные и барьерные реакции. При исследовании вариантов уклонения вируса от систем иммунологического контроля обращено внимание на раз- общение фагоцитоза с литическими процессами, компартментализованными в лизосомах, при проникновении SARS-CoV-2 в клетки, а также на разноуровневое подавление интерферонового ответа. COVID-19 выступает мощным стрессогенным фактором, что сопряжено с нарастанием в крови кортизола, катехоламинов и лактата. В условиях гипоксии отмечены отклонения в протекании метаболических процессов и рецепции сигнальных молекул. Прослежено перераспределение ионизированного железа в прогрессии вирусного процесса и формировании его осложнений. Важную роль в формировании клеточных повреждений и перестроек структуры тканей играет системная воспалительная реакция и иммунотромбоз, сопряженный с формированием внеклеточных нейтрофильных ловушек, как формы апоптотической гибели клеток. Оценено значение метилирования ДНК, появления мобильных генетических элементов и некодирующих РНК. Формирование структурных изменений во многом сопряжено с фиброзированием, реализуемым, в частности, посредством активируемого вирусом эпителиально-мезенхимального перехода, локальная и системная коррекция которого снизит риск осложнений инфекционного процесса.

Методы секвенирования нового поколения позволяют полностью выявлять качественный состав микробиоты в ферментированных продуктах, таких как йогурты и кефиры. Однако для правильных методических рекомендаций по применению высокопроизводительного секвенирования для анализа продуктов необходимо выяснить оптимальное сочетание биоинформатического программного обеспечения и базы данных. Цель данного исследования – определить состав микробиоты ферментированных молочных продуктов с помощью высокопроизводительного секвенирования и проанализировать, как выбор программы влияет на полученные данные. Было отсеквенировано 7 образцов метагеномов ферментированных молочных продуктов с целью сопоставления состава и выявления основных компонентов. Чтения, полученные в результате секвенирования участка гена 16S рРНК 7 образцов ферментированных молочных продуктов, были проанализированы с помощью BLASTN по базе данных 16S Microbial NCBI, а также MEGAN и MG-RAST. Также были проанализированы смеси сгенерированных псевдопрочтений, которые состояли из видов Lactococcus lactis, Levilactobacillus brevis, Lactobacillus kefiri и Leuconostoc mesenteroides. Используемые биоинформатические средства отличаются по степени применимости в зависимости от допустимого уровня ошибок. BLASTN без биннинга позволяет определять до вида образцы, которые MEGAN и MG-RAST определяют только до рода, но вместе с этим допускает больше ложноположительных ошибок при использовании разных баз данных с неверно определенными референсными последовательностями. Таким образом, дальнейшее определение бактериального состава кисломолочных продуктов требует создания курируемой базы данных для верного определения до уровня вида.

Секвенирование хлоропластных геномов дает новые данные для филогенетических исследований спорных видов трибы пшеницевых. Одним из таких является Aegilops aucheri Boiss., считающийся подвидом Ae. speltoides Tausch. Были секвенированы и аннотированы хлоропластные геномы образцов к-2278 и к-657 Ae. aucheri различного географического происхождения, что дополнило картину филогенетического положения этого вида эгилопса. Размер пластомов у обоих образцов
составил 135668 п.н. Филогенетическое древо, построенное на основе данных полных нуклеотидных последовательностей хлоропластных геномов семи различных образцов Ae. aucheri (пять из которых были ранее секвенированы нами), показало отдельное от Ae. speltoides расположение на древе Ae. aucheri. В связи с полученными данными обсуждается вопрос о видовом статусе Ae. aucheri.

Академик РАН, доктор геолого-минералогических наук, профессор кафедры палеонтологии МГУ, представил отзыв на серию статей А.П. Козлова, опубликованную в журнале “Успехи современной биологии” в 2024 г. В рецензии в частности отмечено, что нам представлена новая биологическая концепция – carcino-evo-devo, которая изучает взаимосвязи эволюционного, индивидуального и опухолевого развития в рамках единого подхода, поэтому может претендовать на роль объединяющей биологической концепции, определяющей новые направления исследований в нескольких областях биологии.

А.М. Пивоваров, соавтор отечественных препаратов рекомбинантного человеческого эритропо- этина “Эпокрин” и “Эральфон”, препаратов природного и рекомбинантного интерферона альфа (“Интерлок”, “Реаферон”), рекомбинантного эпидермального фактора роста и многих систем иммуноферментного анализа цитокинов человека, комментирует серию статей А.П. Козлова. Он отмечает, что открытие целого класса генов с широкой опухолеспецифической экспрессией, сделанное в лаборатории А.П. Козловым с соавт., позволяет разработать терапевтические моноклональные антитела с широким противоопухолевым спектром действия. Таким образом, изучение белков, кодируемых TSEEN-генами, может стать новой областью медицинской биотехнологии, претендующей на универсальность.