<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE root>
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/" article-type="research-article" dtd-version="1.2" xml:lang="en"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">Russian Journal of Genetics</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="en">Russian Journal of Genetics</journal-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Генетика</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn publication-format="print">0016-6758</issn><issn publication-format="electronic">3034-5103</issn><publisher><publisher-name xml:lang="en">The Russian Academy of Sciences</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="publisher-id">700418</article-id><article-id pub-id-type="doi">10.7868/S3034510325120106</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="toc-heading"><subject>МАТЕМАТИЧЕСКИЕ МОДЕЛИ И МЕТОДЫ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="article-type"><subject>Research Article</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title xml:lang="en">Hitchhiking as Indirect Selection. I. Diallelic Loci</article-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>ХИЧХАЙКИНГ КАК КОСВЕННЫЙ ОТБОР. I. ДИАЛЛЕЛЬНЫЕ ЛОКУСЫ</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Passekov</surname><given-names>V. P.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Пасеков</surname><given-names>В. П.</given-names></name></name-alternatives><email>pass40@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff1"><aff><institution xml:lang="en">Federal Research Center "Computer Science and Control" of the Russian Academy of Sciences</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">Федеральный исследовательский центр «Информатика и управление» Российской академии наук</institution></aff></aff-alternatives><pub-date date-type="pub" iso-8601-date="2025-12-15" publication-format="electronic"><day>15</day><month>12</month><year>2025</year></pub-date><volume>61</volume><issue>12</issue><issue-title xml:lang="en">VOL 61, NO12 (2025)</issue-title><issue-title xml:lang="ru">ТОМ 61, №12 (2025)</issue-title><fpage>100</fpage><lpage>113</lpage><history><date date-type="received" iso-8601-date="2026-01-08"><day>08</day><month>01</month><year>2026</year></date></history><permissions><copyright-statement xml:lang="en">Copyright ©; 2025, Russian Academy of Sciences</copyright-statement><copyright-statement xml:lang="ru">Copyright ©; 2025, Российская академия наук</copyright-statement><copyright-year>2025</copyright-year><copyright-holder xml:lang="en">Russian Academy of Sciences</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="ru">Российская академия наук</copyright-holder><ali:free_to_read xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/" start_date="2026-12-15"/></permissions><self-uri xlink:href="https://rjraap.com/0016-6758/article/view/700418">https://rjraap.com/0016-6758/article/view/700418</self-uri><abstract xml:lang="en"><p>The indirect pressure of one locus selection on another, neutral locus, is considered. Models of haploid and diploid populations with non-overlapping generations are analyzed. The model of a haploid population is formulated as a system of difference equations linking the values of the concentration of the favorable allele, the concentration of the allele of the neutral locus and the coefficient of linkage disequilibrium of the considered diallelic loci in adjacent generations. Equilibria are considered, and qualitative properties of the dynamics of the genetic state of the population are studied. Under directional selection, the favorable allele monotonically displaces the alternative one. The concentration of the neutral allele can either increase or decrease monotonically. Its ultimate cumulative change is practically insignificant, and the convergence to the limit is much faster than for the favorable allele. These results are illustrated by graphs. Then the model under consideration is approximated by a system of ordinary differential equations, and its analysis confirms the conclusions of the discrete model, both qualitatively and quantitatively. Linkage disequilibrium can first increase and then decrease to zero if the selection coefficient is greater than the recombination one. Otherwise, the convergence to zero is monotonic, and in any case the sign of the disequilibrium does not change. A generalization of the haploid population model is given, allowing for the influence of pairwise random interactions of haplotypes on viability. It leads to equations corresponding to viability selection in a diploid population, where the appearance of a polymorphic stable equilibrium partitions the interval of admissible states (0, 1) into two positively invariant parts, on each of which the dynamics of the allele concentration under selection pressure is monotonic. This allows us to reduce the corresponding problems of the analysis of a diploid population to those already studied in the haploid case.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="ru"><p>Рассматривается влияние отбора по одному локусу на другой, нейтральный. Анализируются модели гаплоидной и диплоидной популяций с неперекрывающимися поколениями. Модель гаплоидной популяции формулируется в виде системы разностных уравнений, связывающих значения концентрации благоприятного аллеля, концентрации аллеля нейтрального локуса и коэффициента неравновесности по сцеплению рассматриваемых диаллельных локусов в смежных поколениях. Рассмотрены равновесия, изучены качественные свойства динамики генетического состояния популяции. При направленном отборе благоприятный аллель монотонно вытесняет альтернативный. Концентрация нейтрального аллеля может как монотонно расти, так и монотонно уменьшаться. Ее предельное накопленное изменение практически незначительно, а сходимость к пределу существенно быстрее, чем для благоприятного аллеля. Эти результаты иллюстрируются графиками. Затем рассматриваемая модель аппроксимируется системой обыкновенных дифференциальных уравнений, и ее анализ подтверждает выводы дискретной модели как в качественном, так и в количественном отношении. Неравновесность по сцеплению может сначала увеличиваться, а потом убывать до нуля, если коэффициент отбора больше коэффициента рекомбинации. В противном случае сходимость к нулю монотонна, причем в любом случае знак неравновесности не изменяется. Дано обобщение модели гаплоидной популяции, допускающее влияние на жизнеспособность парных случайных взаимодействий гаплотипов. Оно приводит к уравнениям, соответствующим отбору по жизнеспособности в диплоидной популяции, где появление полиморфного устойчивого равновесия разбивает интервал допустимых состояний (0, 1) на две положительно инвариантные части, на каждой из которых динамика концентрации аллеля под давлением отбора монотонна. Это позволяет редуцировать соответствующие задачи анализа диплоидной популяции к уже изученным в гаплоидном случае.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="en"><kwd>population genetics</kwd><kwd>hitchhiking</kwd><kwd>indirect selection</kwd><kwd>mathematical models</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>популяционная генетика</kwd><kwd>хичхайкинг</kwd><kwd>косвенный отбор</kwd><kwd>математические модели</kwd></kwd-group><funding-group><funding-statement xml:lang="ru">Работа была поддержана текущим финансированием института.</funding-statement></funding-group></article-meta></front><body></body><back><ref-list><ref id="B1"><label>1.</label><mixed-citation>Пасеков В.П. К анализу случайных процессов изонимии. I. Структура изонимии // Генетика. 2021. Т. 57. № 10. С. 1194–1204. https://doi.org/10.31857/S001667582110009X</mixed-citation></ref><ref id="B2"><label>2.</label><mixed-citation>Maynard Smith J., Haigh J. The hitch-hiking effect of a favourable gene // Genet. Res. 1974. V. 23. P. 23–35.</mixed-citation></ref><ref id="B3"><label>3.</label><mixed-citation>Thomson G. The effect of a selected locus on linked neutral loci // Genetics. 1977. V. 85. № 4. P. 753–788. https://doi.org/10.1093/genetics/85.4.753.</mixed-citation></ref><ref id="B4"><label>4.</label><mixed-citation>Ohta T., Kimura M. The effect of selected linked locus on heterozygosity of neutral alleles (the hitch-hiking effect) // Genet. Res., Camb. 1975. V. 25. P. 313–326.</mixed-citation></ref><ref id="B5"><label>5.</label><mixed-citation>Barton N.H. Genetic hitchhiking // Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 2000. V. 355(1403). P. 1553–1562. https://doi.org/10.1098@rstb.2000.0716.</mixed-citation></ref><ref id="B6"><label>6.</label><mixed-citation>Gale J.S. Population Genetics. Springer, Boston, MA, 1980. 163 p.</mixed-citation></ref><ref id="B7"><label>7.</label><mixed-citation>Хедрик Ф. Генетика популяций. М.: Техносфера, 2003. 592 с.</mixed-citation></ref><ref id="B8"><label>8.</label><mixed-citation>Ли Ч. Введение в популяционную генетику. М.: Мир, 1978. 555 с.</mixed-citation></ref><ref id="B9"><label>9.</label><mixed-citation>Свирежев Ю.М., Пасеков В.П. Основы математической генетики. М.: Наука, 1982. 511 с.</mixed-citation></ref></ref-list></back></article>
